特利迦奧特曼與黑暗巨人的戰鬥結束數年之後，地球再次迎來了和平的年代。現在已經基本見不到怪獸的蹤影了，怪獸帶來的災害影響也已經漸漸地淡出了人們的視線。人類已經開辟了火星移居地，並打算組建新的隊伍開辟第二個火星移居地。地球上的人類開始了探索宇宙的征程，現在進入了新領域時代。結果，在探索的過程中，宇宙神秘生命體斯非亞突然出現在了主人公明日見奏大所在的小隊面前。斯菲亞對地球發起了侵略，並斷絕地球和宇宙的一切通訊，地球變成了孤島行星。奏大原本在宇宙港送貨，結果卻遇到了斯菲亞的襲擊。